Gestion d'entreprise

Les 8 meilleurs logiciels de facturation en 2025

Découvrez notre comparatif 2025 des 8 meilleurs logiciels de facturation et de gestion financière pour indépendants, freelances, TPE et PME : points forts, limites et cas d’usage pour identifier l’outil le plus adapté à vos besoins.

Chez Impli, nous avons analysé en profondeur les principales solutions de facturation et de gestion financière disponibles sur le marché français. Notre objectif est simple : vous proposer un comparatif clair et objectif, en mettant en avant les avantages, les limites et les cas d’usage typiques de chaque outil.

Nous savons que le choix d’un logiciel dépend avant tout de votre profil : êtes-vous freelance en micro-entreprise, indépendant soumis à la comptabilité, ou bien une PME en croissance avec des besoins plus complexes ? D’un côté, certains outils privilégient la simplicité et l’automatisation des démarches fiscales (comme Freebe ou Abby), d’autres misent sur une approche plus complète avec intégration bancaire et collaboration comptable (comme Pennylane, Tiime ou Evoliz), et certains encore se positionnent comme de véritables solutions de gestion d’entreprise (comme Axonaut).

Notre sélection se concentre sur les logiciels les plus utilisés et les plus pertinents pour les indépendants et petites structures. Tous les outils présentés ont déjà fait leurs preuves et répondent à des besoins bien précis, que ce soit la facturation simple, la gestion de trésorerie, l’automatisation comptable ou le pilotage global de l’activité.

Explorez notre comparatif 2025 et trouvez la solution qui vous fera gagner du temps, sécuriser votre gestion financière et mieux piloter votre activité au quotidien.

En bref :

Pas envie de lire notre comparatif complet ? Voici nos recommandations en bref :

Pennylane : La plateforme la plus complète pour centraliser facturation, trésorerie et comptabilité, idéale pour indépendants et PME.

Qonto : La néobanque pro qui combine compte bancaire, cartes et facturation simple dans une seule interface.

Indy : Le logiciel parfait pour les freelances et professions libérales qui veulent facturer et automatiser leur comptabilité et leurs déclarations fiscales.

Freebe : L’outil ultra-simple pensé exclusivement pour les micro-entrepreneurs qui veulent facturer et déclarer à l’URSSAF en un clic.

Abby : Une alternative à Freebe, avec en plus des fonctions de suivi clients et de gestion documentaire pour freelances.

Axonaut : La solution tout-en-un française pour les TPE qui veulent facturer, gérer leur CRM, leur trésorerie et même leurs RH.

Tiime : Un outil simple et mobile pour facturer, gérer ses notes de frais et collaborer facilement avec son comptable.

Evoliz : Le bon compromis pour les TPE qui veulent un logiciel de facturation enrichi de gestion financière et d’achats.

En Vidéo :

Pour aller à l’essentiel en quelques minutes, découvrez nos recommandations en vidéo :

Notre sélection détaillée :

Parcourez notre comparatif détaillé

#1 Pennylane

Pennylane est une solution de facturation et de gestion financière pensée pour les indépendants, les startups et les PME qui veulent simplifier leur suivi comptable au quotidien.

Contrairement à un simple logiciel de facturation, Pennylane combine la création de devis et factures avec un pilotage en temps réel de la trésorerie et une collaboration fluide avec l’expert-comptable. Son atout majeur est de centraliser la facturation, la gestion bancaire et la comptabilité sur une seule plateforme, ce qui évite la multiplication des outils et les pertes de temps liées aux exports.

Un exemple concret : une agence de communication peut éditer ses devis directement depuis Pennylane, transformer automatiquement ces devis en factures validées, suivre leur paiement grâce à la synchronisation bancaire et transmettre l’ensemble à son cabinet comptable sans ressaisie. Résultat : moins d’erreurs, une meilleure visibilité financière et un gain de temps considérable.

Avantages :

✅ Facturation intégrée à la comptabilité et aux flux bancaires.

✅ Suivi de trésorerie en temps réel.

✅ Collaboration directe avec l’expert-comptable.

✅ Interface claire et moderne, facile à prendre en main.

✅ Convient aussi bien aux indépendants qu’aux PME.

Inconvénients :

❌ Moins adapté aux grandes entreprises avec des besoins complexes.

❌ Certaines intégrations tierces encore limitées.

À qui s’adresse Pennylane ?

Pennylane est idéal pour les indépendants, TPE et PME qui veulent un outil unique pour gérer facturation, trésorerie et comptabilité sans multiplier les logiciels.

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★★★★★ Parler à un expert Pennylane Formations Pennylane Essayer Pennylane

#2 Qonto

Qonto est avant tout une néobanque professionnelle, mais elle propose aussi des fonctionnalités de facturation qui en font un outil polyvalent pour les indépendants et les petites entreprises.

Contrairement à un logiciel de facturation pur, Qonto combine la gestion des comptes bancaires, le suivi des paiements, les cartes professionnelles et l’édition de factures au sein d’une même interface. Son atout majeur réside dans cette centralisation : tout est géré depuis une seule application, ce qui permet de gagner du temps et de mieux contrôler ses finances.

Un exemple concret : un consultant peut créer et envoyer une facture à son client directement depuis Qonto. Dès que le paiement est reçu, il est automatiquement rapproché du mouvement bancaire, ce qui évite toute ressaisie et garantit un suivi à jour. En parallèle, il peut gérer ses dépenses avec une carte Qonto, catégoriser ses transactions et préparer ses exports comptables en un clic.

Avantages :

✅ Outil tout-en-un : compte pro, cartes, facturation et gestion des dépenses.

✅ Factures synchronisées avec les paiements bancaires.

✅ Interface intuitive et moderne.

✅ Automatisation du rapprochement bancaire.

✅ Service client réactif et disponible.

Inconvénients :

❌ Moins riche en fonctionnalités de facturation qu’un outil dédié (comme Pennylane ou Freebee).

❌ Tarifs plus élevés que certaines solutions uniquement orientées facturation.

À qui s’adresse Qonto ?

Qonto est particulièrement adapté aux indépendants, freelances et petites entreprises qui veulent centraliser leur compte bancaire et leur facturation au même endroit, avec un suivi simplifié et automatisé.

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★★★★★ Parler à un expert Qonto Formations Qonto Essayer Qonto

#3 Indy

Indy est un logiciel de comptabilité et de facturation conçu pour les indépendants, professions libérales et freelances.

Contrairement à un outil de facturation classique, Indy propose une approche globale : facturation, suivi bancaire, comptabilité automatisée et génération de déclarations fiscales. Son atout principal est la simplicité : l’utilisateur n’a pas besoin de connaissances comptables poussées pour tenir sa comptabilité et facturer ses clients en toute conformité.

Un exemple concret : un consultant indépendant peut créer une facture en quelques clics, la transmettre à son client et suivre automatiquement son règlement grâce à la synchronisation bancaire. En fin d’année, Indy génère directement les documents fiscaux nécessaires (comme la 2035 pour les professions libérales), évitant le recours systématique à un expert-comptable. Cela permet de gagner du temps et de réduire les coûts de gestion.

Avantages :

✅ Facturation simple et rapide intégrée à la comptabilité.

✅ Déclarations fiscales automatisées et conformes.

✅ Synchronisation bancaire pour suivi des paiements.

✅ Interface claire et adaptée aux non-comptables.

✅ Support client réactif et spécialisé pour les indépendants.

Inconvénients :

❌ Moins adapté aux PME avec plusieurs collaborateurs.

❌ Fonctionnalités limitées en gestion commerciale avancée.

À qui s’adresse Indy ?

Indy est idéal pour les freelances, professions libérales et indépendants qui veulent facturer facilement et automatiser leur comptabilité, sans avoir besoin de compétences techniques ni de recourir systématiquement à un expert-comptable.

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#4 Freebee

Freebe est un logiciel de facturation pensé exclusivement pour les freelances.

Contrairement à des solutions plus complètes comme Pennylane ou Indy, qui intègrent la comptabilité et le suivi bancaire, Freebe se concentre sur la création de devis et factures, le suivi des paiements et l’automatisation des obligations fiscales propres aux micro-entrepreneurs. Son atout principal est la simplicité : tout est conçu pour répondre aux besoins précis des freelances en statut auto-entrepreneur.

Un exemple concret : un graphiste indépendant peut créer un devis depuis Freebe, le transformer en facture dès validation du client, suivre automatiquement son encaissement et générer sa déclaration de chiffre d’affaires URSSAF en un clic. Là où Indy va plus loin sur la comptabilité (liasses fiscales, 2035), Freebe reste volontairement focalisé sur la facturation et les obligations légales des micro-entrepreneurs.

Avantages :

✅ Spécialement conçu pour les freelances en micro-entreprise.

✅ Facturation simple et rapide avec transformation automatique des devis.

✅ Déclaration URSSAF automatisée.

✅ Interface claire et intuitive.

✅ Gain de temps important sur la gestion administrative.

Inconvénients :

❌ Réservé aux micro-entrepreneurs (peu adapté aux sociétés ou structures plus grandes).

❌ Moins complet que Pennylane ou Indy sur la partie comptabilité et trésorerie.

À qui s’adresse Freebe ?

Freebe est idéal pour les freelances et indépendants en micro-entreprise qui cherchent une solution simple et efficace pour facturer leurs clients et automatiser leurs déclarations URSSAF, sans se perdre dans la complexité comptable.

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#5 Abby

Abby est un outil de gestion et de facturation pensé pour simplifier la vie des freelances, auto-entrepreneurs et petites structures. 

Comme Freebe, il vise avant tout la simplicité, mais il va un peu plus loin en intégrant des modules complémentaires comme la gestion des clients, le suivi des dépenses ou encore un espace pour centraliser ses documents. Son atout majeur est de proposer un environnement “tout-en-un” adapté aux indépendants qui veulent à la fois facturer, suivre leur activité et automatiser certaines démarches administratives.

Un exemple concret : un rédacteur freelance peut gérer son carnet de clients dans Abby, créer un devis, le transformer en facture, suivre l’encaissement et générer automatiquement sa déclaration URSSAF. Par rapport à Freebe, Abby se distingue par des fonctionnalités plus larges (gestion documentaire, suivi de la trésorerie) et une approche communautaire, avec des ressources et conseils pour les indépendants.

Avantages :

✅ Outil simple et adapté aux micro-entrepreneurs.

✅ Facturation claire et rapide avec suivi des paiements.

✅ Déclaration URSSAF automatisée.

✅ Fonctionnalités additionnelles (CRM simple, gestion de documents).

✅ Interface moderne et intuitive.

Inconvénients :

❌ Destiné surtout aux indépendants : pas adapté aux PME ou structures complexes.

❌ Moins poussé qu’Indy ou Pennylane pour la comptabilité et le pilotage financier.

À qui s’adresse Abby ?

Abby est idéal pour les freelances, indépendants et micro-entrepreneurs qui veulent un outil simple pour facturer, automatiser leurs démarches URSSAF et centraliser leur activité au même endroit, sans avoir besoin d’un logiciel plus lourd.

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#6 Axonaut

Axonaut est un logiciel français de gestion d’entreprise tout-en-un qui va bien au-delà de la simple facturation.

Contrairement à Freebe ou Abby, qui s’adressent surtout aux freelances et micro-entrepreneurs, Axonaut vise les TPE et PME en intégrant facturation, CRM, suivi des dépenses, gestion de trésorerie et même la gestion des ressources humaines. Son atout principal est de centraliser toutes les fonctions clés d’une petite entreprise dans un seul outil, pour éviter de jongler entre plusieurs logiciels.

Un exemple concret : une agence digitale peut créer ses devis et factures dans Axonaut, suivre les règlements clients, gérer ses dépenses et notes de frais, piloter son pipeline commercial via le module CRM, et même suivre les congés de ses collaborateurs. Là où Pennylane est très centré sur la dimension financière et comptable, Axonaut se distingue par une approche plus globale de la gestion d’entreprise.

Avantages :

✅ Solution complète : facturation, CRM, gestion de trésorerie et RH.

✅ Idéal pour structurer une TPE en croissance.

✅ Automatisation du suivi des paiements et rapprochement bancaire.

✅ Hébergé en France, avec un support francophone.

✅ Bon rapport fonctionnalités/prix pour les petites entreprises.

Inconvénients :

❌ Moins intuitif que des outils spécialisés uniquement dans la facturation.

❌ Trop riche pour un freelance ou une micro-entreprise qui a seulement besoin de facturer.

À qui s’adresse Axonaut ?

Axonaut est idéal pour les TPE et petites entreprises qui recherchent une solution complète pour gérer à la fois leur facturation, leur trésorerie, leur activité commerciale et certains aspects RH, sans devoir multiplier les outils.

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#7 Tiime

Tiime est une solution de facturation et de gestion administrative pensée pour les indépendants, freelances et petites entreprises. 

Son objectif : rendre la facturation et le suivi de l’activité aussi simples que possible, tout en respectant les obligations légales (notamment la conformité anti-fraude). Contrairement à Freebe ou Abby, très focalisés sur les micro-entrepreneurs, Tiime propose une offre plus large, incluant la gestion de notes de frais, le suivi bancaire et même une connexion facilitée avec un expert-comptable.

Son atout majeur réside dans sa simplicité couplée à une certaine polyvalence.

Un exemple concret : un photographe indépendant peut créer ses devis et factures depuis Tiime, suivre les paiements grâce à la synchronisation bancaire, gérer ses justificatifs de dépenses en les photographiant avec son smartphone, et partager toutes ces données en temps réel avec son comptable. Par rapport à Pennylane, Tiime reste plus simple et accessible, mais sans négliger la collaboration comptable.

Avantages :

✅ Facturation conforme et intuitive.

✅ Gestion des dépenses et notes de frais simplifiée.

✅ Synchronisation bancaire et suivi en temps réel.

✅ Collaboration facilitée avec l’expert-comptable.

✅ Application mobile ergonomique et pratique.

Inconvénients :

❌ Moins complet qu’Axonaut pour la gestion d’entreprise globale.

❌ Certaines fonctionnalités avancées réservées aux offres payantes.

À qui s’adresse Tiime ?

Tiime est idéal pour les freelances, indépendants et petites entreprises qui veulent un outil simple et moderne pour facturer, suivre leurs paiements et centraliser leurs justificatifs, tout en collaborant facilement avec leur comptable.

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#8 Evoliz

Evoliz est un logiciel de facturation et de gestion commerciale conçu pour les TPE et petites entreprises qui veulent aller plus loin qu’un simple outil de devis/factures.

Contrairement à Freebe ou Abby, orientés freelances et micro-entrepreneurs, Evoliz propose des fonctionnalités plus avancées : gestion des achats, suivi de trésorerie, intégration bancaire et collaboration avec l’expert-comptable. Son atout majeur est de combiner la simplicité d’un logiciel de facturation avec des modules de gestion plus complets, tout en restant accessible aux petites structures.

Un exemple concret : une petite agence de design peut créer ses devis et factures dans Evoliz, suivre les règlements clients, enregistrer ses dépenses fournisseurs, synchroniser ses comptes bancaires et générer automatiquement des écritures comptables pour son expert. Par rapport à Axonaut, qui inclut aussi un CRM et des modules RH, Evoliz se concentre davantage sur le couple facturation + gestion comptable/financière.

Avantages :

✅ Facturation et suivi des paiements conformes et simples.

✅ Gestion des achats et suivi des dépenses intégrés.

✅ Synchronisation bancaire pour pilotage de trésorerie.

✅ Outil collaboratif pensé pour le lien avec l’expert-comptable.

✅ Adapté aux TPE avec plusieurs utilisateurs.

Inconvénients :

❌ Moins intuitif pour un indépendant qui cherche un outil ultra-simple.

❌ Moins complet qu’Axonaut pour la gestion d’entreprise globale (CRM, RH).

À qui s’adresse Evoliz ?

Evoliz est idéal pour les TPE et petites entreprises qui veulent un logiciel de facturation robuste, enrichi de fonctionnalités de gestion financière, sans devoir basculer vers un ERP complexe.

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★★★★☆ Parler à un expert Evoliz Formations Evoliz Essayer Evoliz

💬 Nos conseils

Nos conseils pour bien choisir votre logiciel de facturation

Définir vos objectifs en matière de facturation

Un logiciel de facturation ne sert pas seulement à générer des factures : il peut aussi vous aider à mieux gérer vos clients et à automatiser des tâches chronophages. Avant de choisir, clarifiez vos besoins :

  • Gérer plus efficacement la création et le suivi des factures ?
  • Automatiser la gestion des devis, avoirs et relances ?
  • Suivre la trésorerie et l’intégrer à votre comptabilité ?

Exemple : des outils comme Pennylane ou Qonto permettent de relier facturation et gestion bancaire pour un suivi en temps réel.

Identifier vos besoins spécifiques

Chaque entreprise a ses contraintes :

  • Auto-entrepreneur : simplicité et conformité légale en priorité (👉 des solutions comme Freebe ou Abby sont très adaptées).
  • PME : besoin de multi-utilisateurs, gestion des équipes et intégrations bancaires (👉 Axonaut ou Evoliz répondent bien à ces besoins).
  • Société de services : importance des devis et de la gestion des acomptes.
  • E-commerce : synchronisation avec vos solutions de paiement.

Bon réflexe : vérifier si le logiciel est pensé pour votre statut et votre secteur.

Déterminer les fonctionnalités indispensables

Un bon logiciel de facturation doit proposer :

  • Création de devis et factures conformes (mentions légales, numérotation automatique)
  • Gestion des clients et produits/services
  • Automatisation des relances de paiement
  • Intégration bancaire pour suivi en temps réel
  • Exports comptables ou intégration directe avec votre expert-comptable

Exemple : Indy et Tiime mettent en avant la simplicité d’usage et les exports comptables directs pour faciliter la relation avec l’expert-comptable.

Faire un benchmark des outils de facturation

Il existe de nombreux outils sur le marché : Pennylane, Qonto, Indy, Freebe, Abby, Axonaut, Tiime, Evoliz…

Bon réflexe : comparer selon vos critères :

  • Ergonomie et simplicité (👉 Freebe séduit par son interface minimaliste)
  • Conformité légale (RGPD, loi anti-fraude à la TVA)
  • Intégrations bancaires et comptables (Qonto et Pennylane se démarquent)
  • Prix (abonnement mensuel, par utilisateur, par fonctionnalité)

Vérifier l’intégration avec vos outils existants

Votre logiciel de facturation doit fonctionner avec :

  • Votre banque
  • Votre comptable
  • Vos solutions de paiement (Stripe, PayPal, etc.)

Exemple : Tiime et Pennylane offrent des intégrations bancaires automatiques qui facilitent grandement la gestion quotidienne.

Évaluer le coût réel

Le coût ne se limite pas à l’abonnement. Pensez aussi à :

  • La formation des équipes
  • Le temps d’implémentation
  • Les éventuels modules payants

Exemple : Axonaut propose un tout-en-un (CRM + facturation) qui peut éviter de multiplier les abonnements.

Prendre en compte le support client

Même un logiciel intuitif nécessite un support fiable. Vérifiez :

  • Disponibilité (jours, horaires)
  • Canal (chat, mail, téléphone)
  • Qualité de la documentation (FAQ, tutos, communauté)

Exemple : Indy et Freebe sont réputés pour leur support réactif et leur accompagnement des indépendants.

Vérifier la conformité et la sécurité

Un logiciel de facturation doit être certifié loi anti-fraude à la TVA (si concerné).

Vérifiez également :

  • Le stockage des données (UE de préférence)
  • La sécurité des accès (authentification forte, sauvegardes régulières)

Choisir un logiciel qui aide à l’analyse financière

Certains outils vont plus loin que la simple facturation :

  • Tableaux de bord financiers
  • Suivi des paiements en temps réel
  • Projection de trésorerie

Exemple : Pennylane et Qonto proposent des tableaux de bord avancés pour mieux piloter la trésorerie.

Tester avant de s’engager

La plupart des éditeurs proposent :

  • Une démo guidée
  • Un essai gratuit (souvent 14 à 30 jours)

Bon réflexe : testez le logiciel avec vos propres factures et impliquez votre comptable si nécessaire.

FAQ

Nous répondons aux questions les plus fréquentes

Quel est le meilleur logiciel de facturation pour un freelance en 2025 ?

Le meilleur logiciel dépend de votre statut. Pour les micro-entrepreneurs, Freebe ou Abby sont les plus adaptés car ils automatisent directement les déclarations URSSAF. Pour les freelances en BNC ou professions libérales, Indy est plus complet avec facturation et génération automatique de la 2035.

Quelle solution choisir entre Pennylane, Qonto et Axonaut ?

Pennylane convient parfaitement à ceux qui souhaitent centraliser facturation, trésorerie et comptabilité sur une seule plateforme avec un suivi en temps réel. Qonto est plus adapté aux freelances et petites structures qui veulent gérer leur compte bancaire professionnel et leur facturation dans une même interface. Axonaut se distingue en revanche par son approche plus globale et s’adresse davantage aux TPE en croissance qui ont besoin d’un logiciel couvrant aussi le CRM, la gestion commerciale et certains aspects RH.

Existe-t-il des logiciels de facturation gratuits pour démarrer ?

Oui, certaines solutions proposent des versions gratuites limitées. Abby met à disposition un plan gratuit pour les micro-entrepreneurs, permettant de gérer la facturation de base. Tiime propose également une version gratuite pour émettre des factures conformes simplement. Enfin, Qonto offre une période d’essai gratuite, mais son modèle repose sur un abonnement payant à terme. Ces options permettent de commencer sans frais, mais les fonctionnalités avancées restent réservées aux formules payantes.